不同个体对于氯吡格雷的反应有差异，约40%的亚裔病人会产生氯吡格雷抵抗，主要原因是CYP2C19基因突变导致代谢减弱。CYP2C19至少有36种等位基因，其中CYP2C19*2 和CYP2C19*3 占亚洲人群弱代谢表型的99％以上，CYP2C19*17是目前发现的唯一具有超快活性的基因分型。CYP2C19基因突变导致的弱代谢个体，氯吡格雷抗栓疗效差，心脑血管事件的发生风险增加。对于这类个体，需要增加氯吡格雷的剂量或换用其他抗血小板药物进行治疗，以达到抑制血小板聚集的效果。

2010年FDA提出黑框警告，明确建议医生对将要服用氯吡格雷的患者进行CYP2C19基因分型检测，针对患者基因型实施个性化用药。

临床药物基因组学实施联盟(CPIC)发布的CYP2C19基因型和氯吡格雷治疗指南中也建议，对于行PCI手术的ACS患者，可通过检测患者CYP2C19基因型来指导氯吡格雷用药。

人类ApoE基因两个位点的多态性(388T>G/526C>T)，可以形成3种单倍型：ApoE2/ ApoE3/ ApoE4，研究表明，ApoE基因多态性与降脂疗效显著相关。